越与苟晞不协，馥不先白于越，而直上书，越大怒。先是，越召馥及淮南太守裴硕，馥不肯行，而令硕率兵先进。硕贰于馥，乃举兵称馥擅命，已奉越密旨图馥，遂袭之，为馥所败。硕退保东城，求救于元帝。帝遣扬威将军甘卓、建威将军郭逸攻馥于寿春。安丰太守孙惠帅众应之，使谢摛为檄。摛，馥之故将也。馥见檄，流涕曰：“必谢摛之辞。”摛闻之，遂毁草。旬日而馥众溃，奔于项，为新蔡王确所拘，忧愤发病卒。
初，华谭之失庐江也，往寿春依馥，及馥军败，归于元帝。帝问曰：“周祖宣何至于反？”谭封曰：“周馥虽死，天下尚有直言之士。馥见寇贼滋蔓，王威不振，故欲移都以纾国难。方伯不同，遂致其伐。曾不逾时，而京都沦没。若使从馥之谋，或可后亡也。原情求实，何得为反！”帝曰：“馥位为征镇，握兵方隅，召而不入，危而不持，亦天下之罪人也。”谭曰：“然。馥振缨中朝，素有俊彦之称；出据方岳，实有偏任之重，而高略不举，往往失和，危而不持，当与天下共受其责。然谓之反，不亦诬乎！”帝意始解。
馥有二子：密、矫。密字泰玄，性虚简，时人称为清士，位至尚书郎，矫字正玄，亦有才干。