越与苟晞不协,馥不先白于越,而直上书,越大怒。先是,越召馥及淮南太守裴硕,馥不肯行,而令硕率兵先进。硕贰于馥,乃举兵称馥擅命,已奉越密旨图馥,遂袭之,为馥所败。硕退保东城,求救于元帝。帝遣扬威将军甘卓、建威将军郭逸攻馥于寿春。安丰太守孙惠帅众应之,使谢摛为檄。摛,馥之故将也。馥见檄,流涕曰:“必谢摛之辞。”摛闻之,遂毁草。旬日而馥众溃,奔于项,为新蔡王确所拘,忧愤发病卒。
初,华谭之失庐江也,往寿春依馥,及馥军败,归于元帝。帝问曰:“周祖宣何至于反?”谭封曰:“周馥虽死,天下尚有直言之士。馥见寇贼滋蔓,王威不振,故欲移都以纾国难。方伯不同,遂致其伐。曾不逾时,而京都沦没。若使从馥之谋,或可后亡也。原情求实,何得为反!”帝曰:“馥位为征镇,握兵方隅,召而不入,危而不持,亦天下之罪人也。”谭曰:“然。馥振缨中朝,素有俊彦之称;出据方岳,实有偏任之重,而高略不举,往往失和,危而不持,当与天下共受其责。然谓之反,不亦诬乎!”帝意始解。
馥有二子:密、矫。密字泰玄,性虚简,时人称为清士,位至尚书郎,矫字正玄,亦有才干。